从需要63步合成、拥有19个手性中心的复杂天然产物,到利用人工智能在数以亿计的化学空间中精准锁定候选药物分子,晶泰科技高级副总裁、小分子药物发现与技术主管王渊博士的科研生涯,仿佛是新旧药物发现范式更迭的一个缩影。
在2025上海国际生物技术与医药研讨会的创新药物转化研究论坛上,这位兼具深厚传统药学功底与前沿技术视野的科学家,向我们展示了人工智能正如何以颠覆性的方式驱动源头创新,破解小分子药物发现的百年难题,让创新药物的诞生之路变得更短、更智能、更充满无限可能。
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01
从“经验摸索”到“智能导航”:
ai重绘药物发现新路径
传统的药物发现,始于实验室中化学家基于经验的漫长摸索,如同在茫茫大海中依靠经验与运气“捞针”。他们依靠深厚的专业知识与直觉,设计、合成并测试数以万计的分子,这条路径不仅耗时,且结果充满不确定性。
“过去这完全依赖科学家的经验来设计与筛选化合物。这个过程涉及海量数据,仅靠人脑分析是远远不够的。”王渊在专访中坦言。ai的介入,正将这一过程从“经验驱动”升级为“数据与智能驱动”,为研究者开辟出一条研发新路径。
在论坛演讲中,王渊详解了这条新路径的运作方式:首先,利用ai分子生成技术(xmolgen),可在虚拟的化学空间中瞬间创造出海量潜在分子,极大地拓展了探索的边界。随后,通过智能筛选与精准的自由能微扰(fep)计算,如同一套精密的“筛选系统”,能够迅速将目标范围从“天文数字”收敛至数百个乃至几十个最具潜力的候选分子。
“这意味着,我们可以在极短时间内,以最小代价合成出最关键的目标分子进行验证。”王渊解释道。他以gpx4抑制剂为例,ai平台从10的14次方个初始虚拟分子出发,经层层智能筛选,最终仅提名150个化合物进行实体合成,并成功从中快速锁定3个苗头分子。“这不仅大大压缩了研发时间,更重要的是,源头创新的效率被极大提高了。”
这其中,预测模型的精准度至关重要。王渊在采访中提到了一个关键指标“r平方”,它衡量的是预测与现实的吻合度。“当模型的r平方值达到0.7或0.8时,其预测能力就已远超我们预期。这能让我们在研发的起点,就对前进的方向拥有把握。”
02
解放智慧双手:
当ai“大脑”遇见自动化“臂膀”
如果说ai是重塑药物发现路径的“超级大脑”,那么自动化实验室就是不知疲倦、精准执行的“钢铁臂膀”。二者的结合,构成了晶泰科技智药新范式的另一大支柱。
“我们建立了一个大规模的自动化合成平台,在深圳、上海各有100多台自动化工作站。”王渊在演讲中展示了一段视频,展示了机器人手臂如何高效、准确地执行复杂的化学合成操作。这套系统能将化学家从大量重复、繁琐的体力劳动中解放出来。
更令人惊叹的是,ai不仅指挥设计,还能指导“如何制作”。通过收集和分析海量化学反应数据,ai模型可以预测在特定条件下化学反应能否成功,其准确度甚至超过了经验丰富的化学家。王渊分享了一组对比数据:对于某些难以成功的反应,ai预测的准确度高达81%,而人类化学家由于“过于自信”,准确率反而低得多。
“将来,一个化学家进入实验室,他不需要去查很多文献资料,就可以问ai:‘这几个反应,条件应该怎么做?”王渊描绘了这样一幅未来图景。这意味着,专家的智慧将更多地投入到解决最前沿、最棘手的科学难题上,而不是耗费在常规操作和信息检索中。
王渊在采访中将这一愿景进一步具象化:“晶泰拥有全自动的化学合成实验室,并正在应用ai agent(ai智能体)来指挥整个合成流程。这能将化学家从繁琐重复的工作中解放出来,让他们能集中精力攻克更疑难的合成问题。” 这不仅是效率的提升,更是科研人力资源的一次深刻解放与升级。
03
跨越“经验陷阱”:
数据驱动如何催生源头创新
评估ai的价值,人们常关注它缩短了多少时间,降低了多少成本。但在王渊看来,一个更关键的指标是“化合物的新颖性”。
“药物发现需要探索广阔的化学空间,在此空间中产生的分子才更具新颖性和代表性,成功几率也更高。”他在采访中强调。ai的强大之处在于,它能以一种纯粹数据驱动的、无偏见的视角,帮助科学家跨越固有的“经验陷阱”,发现前所未有的全新药物结构。
他在演讲中分享的smarca2/4靶点案例,生动地诠释了这一点。在分析现有专利文献时,王渊团队发现,已报道分子与靶点的关联性很差,暗示着前人认定的药物作用位点可能并不准确。他们利用自身的计算和实验能力,重新解析了蛋白结构,果然发现了一个全新的结合位点。
“你可以看到这些应用能非常快地帮助我们走出原有的经验陷阱。”王渊说。基于这一全新发现,利用ai分子生成技术,团队迅速设计出了完全跳出原有化学空间的全新化合物,在短短一两个月内就完成了关键突破。
这种“数据驱动”的创新模式,正在从根本上改变药物发现的思维方式。它不再仅仅依赖于对已有知识的归纳和延伸,而是能够主动探索未知,从海量数据中挖掘出人类智慧难以直接洞察的全新规律。
“我希望能看到ai agent(ai智能体)被大规模应用。”谈及未来五到十年的愿景,王渊在采访中描绘了这样一幅图景,“将能够通过ai智能自主完成的研发过程,整合进一个自动化的、具备自我学习能力的系统。”它的意义远不止于解放科学家的双手,更在于与我们人类的智慧形成深度对话与协同进化,共同面对那些悬而未决的复杂生物学难题。”从跟随经验到驾驭数据,从优化已知到创造未知,这一转变正推动药物研发迈向一个由智能深度驱动的新纪元。
从哈佛实验室里挑战最复杂天然产物合成的化学家,到引领ai驱动药物发现的产业先锋,王渊博士的经历本身,就是一场从传统到前沿的“双向奔赴”。在演讲与采访中,他没有描绘遥不可及的科幻图景,而是用扎实的数据和成功的案例,向我们证明:ai制药已不再是概念,它正作为一种高效且极具创新力的工具,深刻地融入新药研发的血脉之中。
在上海这片生物医药创新的热土上,以晶泰科技为代表的企业,正将算力、算法与自动化实验深度融合,构建起一套全新的药物研发“操作系统”,让“源头创新”变得可设计、可执行、可预期,并以此加速链动全球创新资源,为更多患者点亮从实验室通往万家灯火的希望之光。
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作者:朱文莹
上观号作者:上海科技





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